As mudas de café nos viveiros podem ser infectadas por doenças graves, por isso devem ser adotados cuidados de prevenção e de controle. As mudas são formadas em viveiros, normalmente sob ambiente de meia sombra, onde permanecem por 6 a 8 meses, desde o semeio até atingirem de 4 a 6 pares de folhas, quando estarão aptas para seu plantio no campo. Durante essa fase, as mudas podem apresentar ataques de três doenças principais, mais graves, e mais duas secundárias, de menor importância.
A primeira doença que pode aparecer, já na fase de crescimento inicial das mudinhas, é o tombamento, causada por fungo do gênero Rhizoctonia. Ocorre uma infecção no coleto da muda, na região da sua base, próxima ao substrato, a qual evolui e apodrece uma porção do caule da muda e, assim, mata a mudinha. A doença ocorre em reboleiras que vão aumentando. Ela é favorecida por ambiente sombrio e úmido. A prevenção é feita através da escolha do local do viveiro, situando em área ensolarada, o tratamento das sementes com Moncerem (1g por kg) e aplicações preventivas de fungicidas. Quando aparecem os primeiros focos, as mudas afetadas devem ser retiradas, incluindo as sacolas, e, de forma complementar, pulverizar ou regar com calda fungicida a 0,1% ou 0,06% de Moncerem. Na medida em que o caule das mudas se torna lenhoso o problema de tombamento fica reduzido. A ausência de um bom desinfetante do substrato, o antigo brometo de metila, tende a aumentar o problema.
A segunda doença, talvez a mais importante em viveiros, é a cercosporiose (causada pelo fungo Cercospora coffeicola), que aparece em função da fraqueza das mudas quando o substrato ou a nutrição complementar estiverem deficientes, principalmente em nitrogênio. As lesões típicas, com centro claro e anel amarelo ou as lesões escuras, da cercospora negra, aparecem nas folhas e causam sua queda. Com o ataque intenso, a muda fica completamente sem folhas. O controle preventivo consiste no uso de substrato rico e equilibrado, com esterco e fósforo, e o uso de pulverizações quinzenais, alternando fungicidas cúpricos e a base de estrobilurinas ou de mancozeb. Nos primeiros sintomas é preciso observar como está a nutrição e, caso necessário, complementar com aplicações de fertilizantes em rega.
A terceira doença no viveiro de mudas é a mancha aureolada, causada por bactéria do gênero Pseudomonas. Quando ela ataca, o problema se torna grave, pois é de difícil controle. Mudas atacadas quase sempre precisam ser descartadas. Ela também se beneficia de umidade e ventos frios. Ela ataca folhas, onde causa manchas com anel em volta amarelado e queimaduras e também afeta o caule das mudas. A prevenção consiste na manutenção de um ambiente mais protegido de ventos no viveiro e as aplicações preventivas de fungicida/bactericida cúprico. O controle após sua constatação consiste em aplicações de cúpricos e de Kasugamicina em pulverização. Também é adequado, logo no início, retirar para fora do canteiro as mudas infectadas, as quais através das gotas da irrigação, serviriam para contaminar as demais.
Por fim, em regiões frias, podem aparecer, em mudas, ataques de Phoma/Ascochyta e, sob condições normais, eventualmente, de ferrugem, porém os programas usuais de pulverizações quinzenais preventivas com fungicidas controlam bem essas doenças.
O tombamento das mudinhas, causado por Rhizoctonia, aparece provocando a morte em reboleiras, as quais, sem controle, vão aumentando (esq. e centro). As mudinhas apresentam lesão e apodrecimento do caule, que primeiro murcham e evoluem para sua morte (dir.)
Duas doenças que podem se tornar graves em mudas de café. A cercosporiose (esq.) provoca lesões típicas que levam a queda das folhas. A mancha aureolada ataca folhas e o caule das mudas (dir.)